«A inicios de la década de los 20 existía un marcado interés en las autoridades de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos de incentivar el deporte entre los estudiantes. Sin embargo, los maestros de aquella época no veían con buenos ojos que los jóvenes alumnos dediquen varias horas de su tiempo en hacer deporte, pues consideraban que ello iba a ir en desmedro de su rendimiento académico».
- Luciano Rico Molina -
José Rubio Galindo, estudiante de la Facultad de Letras, y Luis Málaga Arenas, estudiante de la Facultad de Medicina, dedicaban sus horas libres para intercambiar ideas con miras a concretar un deseo común: «conformar una gran institución». Luego se unirían Plácido Galindo, Eduardo Astengo, Rafael Quirós, Mario de las Casas, Alberto Denegri, Luis de Souza Ferreira (quien anotó el primer gol peruano en una Copa Mundial de Fútbol), Andrés Rotta, Carlos Galindo, Francisco Sabroso, Jorge Góngora, Pablo Pacheco y Carlos Cillóniz entre otros.
Fue así que el 7 de agosto de 1924, a las 19:00, los estudiantes universitarios se reunieron en la sede de la Federación de Estudiantes del Perú, en la calle Juan De La Coba 106, en la ciudad de Lima, dando origen a la Federación Universitaria de Fútbol; como una asociación de los equipos representativos de las Facultades de la Universidad de San Marcos y las Escuelas Especiales de Ingeniería, Agronomía y Normal Central.
El Comité Nacional de Deportes, máximo organismo del deporte peruano en aquella época, reconoció a la Federación Universitaria como si fuese una Liga. De ahí que, conjuntamente con la Liga Peruana de Fútbol, la Asociación Amateur, la Liga Chalaca, Circolo Sportivo Italiano y Lima Cricket and Football Club, conformaron la Federación de Fútbol. Tras participar en diferentes torneos interuniversitarios y partidos amistosos entre 1924 y 1927, la Federación Peruana de Fútbol invitó a la Federación Universitaria a participar en el Campeonato de Selección y Competencia (Torneo de Primera División) de 1928.
Debutó oficialmente el 27 de mayo ante el Club José Olaya de Chorrillos, al que venció por 7:1. Al finalizar el campeonato, la Federación Universitaria ocupó el segundo lugar detrás de Alianza Lima, con el que disputó el título en tres encuentros: (victoria 1:0, empate 1:1 y derrota 2:0). En 1929, el campeonato solo contó con la participación de doce equipos debido a la suspensión de Alianza Lima por negarse a ceder a sus futbolistas a la selección. En este torneo, Universitario obtuvo su primer título nacional, al finalizar el campeonato con siete victorias, tres empates y una derrota completando diecisiete puntos, uno más que el Circolo Sportivo Italiano al que había derrotado por 7:0. Carlos Cillóniz, futbolista de Universitario, anotó ocho goles, convirtiéndose en el máximo goleador del campeonato.