Neptune FM est fondée le 21 mars 1983 par plusieurs personnes, dont Gérard Château qui fut longtemps président et qui est aujourd'hui président d'honneur. A l’époque de la création de la radio, c’est Régis Teillet qui était le président de l’association. Cinq ans plus t**d, en 1988, c’est Gérard Château qui le devient. Neptune FM diffuse ses premières émissions sur la fréquence 95.3MHz. Les studios sont alors situés rue des Bossilles et la radio compte plus de 80 animateurs bénévoles contre 15 cinq ans plus t**d.
Elle est écoutée non seulement sur l’Ile d’Yeu, mais aussi à Noirmoutier, Challans, les Sables d’Olonne et Saint Gilles Croix de Vie. Suite à l'aménagement de l'Ecole des Pêches dans les locaux qu'elle occupait rue des Bossilles, Neptune FM déménage au Fort de Pierre-Levée où elle se trouve encore aujourd’hui.
En 1992, le CSA autorise Neptune FM à émettre sur la fréquence 91.9MHz (fréquence qu’elle utilise encore aujourd’hui) et passe la radio en catégorie B ce qui permettra d’alimenter l’antenne mais aussi de diffuser 24h/24. Cette diffusion en continue, qui a duré quelques années, a été possible grâce à la diffusion de programmes venant d'autre radios telles que : Presqu’île FM de Guérande, Radio Sud Loire de Nantes et enfin Radio Nantes aujourd’hui devenue Hit West.
En 2001, Pascal Audic est élu pour prendre le relais de Gérard Château à la présidence de la radio. Deux émissions se démarquent déjà de la grille des programmes : l’émission matinale Bonjour qui a lieu du lundi au vendredi de 9h30 à 11h00 et les chanteurs du mercredi dans l’émission Chansons d’hier et d’aujourd’hui de 15h00 à 16h00 où les auditeurs chantent par téléphone la chanson de leur choix en direct sur l’antenne grâce à l’insert téléphonique de la radio. Neptune FM reste au plus près des auditeurs locaux avec des informations spécifiques à l’Ile d’Yeu (la vacation pêche, la météo marine, les petites annonces, le programme du cinéma, les heures des passages de bateau/hélicoptère, des marées,… qui sont annoncés dans l’émission Bonjour) et avec une programmation musicale à grande tendance francophone avec la recherche de chanteurs français encore méconnus sur les ondes. Les programmes se rajeunissent grâce à de jeunes animateurs qui présentent des émissions pour les jeunes, certaines n’étant diffusées que sur la période estivale, période qui permet aussi le contact avec les touristes qui viennent visiter les locaux ou ceux, plus connus, qui viennent pour être interviewés. La publicité se développe de plus en plus pour faire la promotion d’annonceurs locaux qui en font la demande, demandes qui sont beaucoup plus nombreuses en période estivale. Les annonces peuvent êtres lues dans l’émission Bonjour ou peuvent être enregistrées par la radio pour être diffusées à l’antenne. Chaque animateur se doit de suivre quelques règles pour savoir ce qu’il est possible ou non de dire/faire et c’est aussi lui qui se charge de la technique de son émission.
En 2002, Neptune FM participe à la manifestation locale des Berniques en Folie avec des entretiens et des interviews dans le cadre de l’émission matinale Bonjour sous l’appellation Bonjour les Berniques. Elle participe également au Téléthon en proposant des dédicaces en direct, le tout étant retransmis à la kermesse ayant lieu dans la cour du fort de la Citadelle mais aussi dans les haut-parleurs sur le port. L’émission Bonjour subit quelques changements puisqu’il est décidé qu’un animateur différent s’occupera chaque jour de l’émission avec sa propre programmation musicale, celle-ci devant malgré tout comporter une majorité de chansons françaises.
En 2003, Pascal Audic passe le flambeau à Laurent Imbert pour la présidence de Neptune FM et à un nouveau conseil d'administration. La radio rajeunit de plus en plus son personnel et modernise ses équipements. Elle fêtera aussi ses 20 ans d’existence par une soirée anniversaire et un concert qui seront donnés le 12 avril. Au bilan de cette année, on compte : une émission quotidienne d’informations locales, 2 jeunes animateurs en formation professionnelle à Paris au STUDEC, 3 nouveaux animateurs et 2 nouvelles émissions, 13 émissions musicales en direct par semaine (chansons francophones, jazz, celtique, musiques du monde, rock,…), 25 adhérents et un Oscar du bénévolat décerné par la BPAV et 32 heures d’émissions en direct par semaine.
En 2004, le bilan fait état de : un nouvel ordinateur et un nouveau logiciel de programmation, 2 nouveaux animateurs, 3 nouvelles émissions, 5 partenariats commerciaux, 9 heures d’informations hebdomadaires, 22 émissions en direct, 25 animateurs, 36 heures d’émissions hebdomadaires et 1350 titres diffusés. Cette année-là, Neptune FM a également participé au festival se déroulant sur 8 jours des Berniques en Folie. Le premier salarié arrive en 2005 pour s'occuper de tout ce qui touche à la communication. Le bilan 2005 compte : 2000 titres diffusés, 40h d’émissions par semaine, 30 animateurs, 28 enfants participants aux stages radio, 24 émissions en direct, 7 nouveaux animateurs, 5 nouvelles émissions, 2 ordinateurs et l’arrivée d’internet dans les locaux.
Un an plus t**d, en 2006, Neptune FM est présent sur internet et diffuse ainsi ses programmes dans le monde entier. Au bilan de l’année 2006, on compte : 31051 auditeurs sur Internet, 8610 titres dans l’ordinateur de diffusion, 32h d’émission hebdomadaires en direct, 32 animateurs bénévoles (âgés de 16 à 82 ans), 24 émissions en direct par semaine avec une grande diversité musicale, des partenariats avec évènements culturels locaux tels que les Berniques en Folie, le Téléthon, Le port en fête, la fête de la musique, le Grand festin,… Des stages et des ateliers radio sont également organisés pour les enfants et les jeunes.
En 2007, Neptune FM repasse en radio de catégorie A. Il n'est alors plus question de retransmettre les programmes d'autres radios puisque la radio devient complètement autonome grâce à l'informatique. Une couleur d'antenne commence à apparaitre tandis que de nouveaux programmes et animateurs viennent s'ajouter à l’équipe. La radio a également participé au Festival du film insulaire de Groix. Un an plus t**d, en 2008, Neptune FM rejoint les rangs de la Fédération des Radios Associatives en Pays de la Loire, participant également à des évènements comme le festival A tout Bout de Quai, le festival de la Petite Marmaille, la fête de la musique, les Dézing’volts, le Téléthon et bien d’autres. Cette année-là, la radio compte 21 animateurs de 10 à 84 ans.
En 2009, une nouvelle présidente est à la tête de l’association, Jacqueline Turbé, et environ 20 animateurs sont encore présents (de 10 à 80 ans) avec 15 émissions aux thématiques différentes (Hip-Hop, accordéon, rock, musique celtique, asiatique…). Un nouveau magazine quotidien appelé « J'vous Dis Pas… » est mis en place et est diffusé à 12h15 et 19h15 (il est également réécoutable en podcast sur site internet de la radio) pour traiter de l'actualité et des évènements se déroulant sur l'île, mais aussi dans la région, avec des interviews et des chroniques (cinéma, musique...). Un deuxième technicien responsable de la technique-production et de la programmation musicale est embauché. La programmation s'affine de plus en plus et s'arrête sur un format soft-pop/rock avec les hits du moment, des nouveautés et des découvertes de la nouvelle scène française mais aussi étrangère, sans oublier les classiques pop/rock qui ont marqué ces 30 dernières années. Une convention est également passée avec Radio France Internationale pour la diffusion journalière de 13 flashs d’information. Une journée portes ouvertes a eu lieu pendant la journée des Désing’volts, la radio ayant accueilli de nombreux visiteurs intéressés par les informations qui leur ont été données ce jour-là. Neptune FM a également accueilli une stagiaire pendant deux mois en juin et en juillet.
Début 2010, un sondage en ligne est proposé sur le site internet de la radio afin de mieux connaitre les habitudes et attentes des auditeurs. Cette année-là, Neptune FM a été partenaire d’évènements culturels comme les Berniques en Folie, Escales Lyriques et Carpe Diem, elle a participé au Forum des Métiers sur l’Ile d’Yeu et a partagé des programmes avec les radios associatives Graffiti de la Roche-sur-Yon et Sun de Nantes.
En 2011, Neptune FM se positionne largement dans son rôle de relais médiatique des acteurs de l’Ile d’Yeu et le fait qu’elle soit de plus en plus écoutée via son site internet l’a conduit à le moderniser. Un nouveau traitement de son a été mis en place afin de satisfaire au maximum les attentes des auditeurs continentaux qui écoutent Neptune FM par la radio, permettant ainsi un meilleur son, égal à celui des autres radios. Elle a aussi mis en place une émission spéciale en direct du port lors de la journée commerciale de l’Union des Commerçants et Artisans Islais, elle a participé au forum des métiers du collège Notre Dame du Port et a partagé des programmes avec les radios associatives Radio Chrono des Pays de Retz et Graffiti Urban Radio de la Roche-sur-Yon. C’est avec cette dernière que Neptune FM a participé et a diffusé le festival de la 7ème vague de Brétignolles sur mer.
En 2012, Neptune FM fait la promotion d’évènements comme le festival les Berniques en Folie, Escales Lyriques, Viens dans mon Ile,… Elle a également retransmis le Défi des Ports de Pêche en direct pendant une semaine, un stand pour la radio ayant été mis en place sur le port à cet effet. Des interviews pour le festival de Poupet, le festival Couvre Feu, celui de la 7ème vague et plein d’autres ont été réalisés en plus de la participation de Neptune FM, en partenariat avec Graffiti Urban Radio de la Roche-sur-Yon, au festival de la 7ème vague à Brétignolles sur Mer, mais aussi à l’évènement du Téléthon 2012 sur l’Ile d’Yeu.
En 2013, la radio renouvelle son matériel de diffusion en acquérant un nouveau logiciel de diffusion ainsi qu’une nouvelle console. Neptune FM est encore plus proche de ses auditeurs cette année avec de nombreux plateaux extérieurs pour des émissions en direct, notamment pour la deuxième édition du festival Viens dans mon Ile et pour le Village Prévention. Elle a aussi retransmis de nombreux concerts ayant eu lieu sur le port en direct à l’antenne. Neptune FM a une nouvelle fois participé au festival de la 7ème vague en partenariat avec la radio associative de la Roche-sur-Yon Graffiti Urban Radio. Elle accueille à présent une personne en service civique depuis le mois d’octobre qui est en charge de tout ce qui touche à l’aspect commercial de la radio dans le but d’étendre toujours plus l’influence de la radio sur la côte vendéenne mais aussi dans la région des Pays de la Loire.
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